12. srpna 1985 v 18:12 odstartoval z tokijského letiště Haneda Boeing 747 SR-46 společnosti Japan Airlines. Let číslo 123 řídil devětačtyřicetiletý kapitán Masami Takahama, který se řadil mezi špičku pilotů společnosti. Partnery mu byli první důstojník Jutaka Sasaki a palubní inženýr Hiroši Fukuda. 509 cestujících na palubě mělo namířeno do Osaky, vzdálené zhruba hodinu letu.
Dalším problémem byl řídký vzduch, typický pro tuto výšku. Lidé na palubě nebyli schopni dýchat bez pomoci přístrojů. V některých maskách ale kyslík došel. Nízká koncentrace kyslíku narušuje i schopnost pilotů uvažovat a může vést až ke ztrátě vědomí. Bylo třeba rychle sestoupit do nižších poloh. Letoví dispečeři na tokijském letišti se pokoušeli navést letoun do bezpečí. Přestože posádka požádala o návrat na tokijské letiště, místo obratu o 180 stupňů se stroj vychýlil z kursu od letiště. Nedařilo se jim se strojem zatočit. Pozemní personál navrhl kapitánovi, aby letadlo změnilo kurs a přistálo na 128 kilometrů vzdálené letiště v Nagoji. Aby tam ale mohlo bezpečně dosednout, muselo by ihned začít klesat. Kapitán se ale chtěl vrátit do Hanedy. Tamní letiště má delší přistávací dráhu a je celkově lépe vybaveno pro nouzové přistání. Stroj se ale prakticky nedal ovládat. V blízkosti hory Fudži se stroj náhle stočil ostře doprava a dostal se do hrozivého pádu. Letadlo klesalo rychlostí 900 metrů za minutu, dvakrát rychleji, než je obvyklé. Stejně nečekaně letadlo pád vyrovnalo. Nakonec kleslo o 3000 metrů níž mezi strmé vrcholky hor. Piloti se všemožně snažili vyrovnat let a získat nad strojem kontrolu. Od okamžiku exploze zápasili piloti s letounem více jak třicet minut. V 18.56 ztratila tokijská letová kontrola s plně obsazeným letounem spojení.
Ihned po nehodě nad místo přiletěl záchranný vrtulník. Záchranáři byli připraveni zahájit práce. Plameny šlehaly na ploše zhruba tři sta metrů čtverečních, a jelikož nebyly patrny známky toho, že by havárii někdo přežil, byli záchranáři odvoláni zpět, aby neriskovali vlastní bezpečnost a vyčkali až do následujícího rána. Čtrnáct hodin po havárii dorazili konečně na místo, kde nalezli čtyři cestující, kteří srážku přežili. Z jejich výpovědí vyplynulo, že živých krátce po nehodě bylo více, mnozí zemřeli až během noci, kdy marně čekali na svou záchranu.
Vyšetřování: Vyšetřovatelé zjistili, že něco způsobilo zborcení stropu v zadní části letounu, dekompresi, ztrátu kýlové plochy a zpřetrhání hydraulického vedení. Aby nalezli příčinu všech těchto důsledků, začali studovat také materiály o minulosti stroje. Zde narazili na překvapivý objev. V roce 1978 měl stroj již jednu nehodu, pilot tehdy přistával s příliš zdviženou přídí a zádí narazil do letištní dráhy. Poškozená část byla vzápětí opravena a s ní i tlaková přepážka. V kabinách moderních proudových letadel se musí při letu ve velkých výškách uměle udržovat vyšší tlak. Trup Boeingu 747 má na zemi oválný průřez, který se po přetlakování částečně zakulatí. Zadní tlaková přepážka je jako obrovský kovový deštník umístěný na samém konci trupu. Jejím cílem je bránit unikání stlačeného vzduchu ocasem letadla. Při sedm let staré opravě technici výrobce vložili do prasklé části nový panel. Nyní byl tento panel, nalezený v místě nehody, klíčovým předmětem k objasnění celé havárie. Odhalil, že oprava tehdy nebyla řádně provedena. V testu, který napodobil tyto podmínky, se kolem děr pro nýty začaly objevovat trhliny. Až nakonec přepážka praskla. To způsobilo zborcení stropu v zadní části letounu, do zádi se následně nahnal stlačený vzduch a urazil kýlovou plochu a s ní i rozhodující část hydrauliky nezbytné k ovládání stroje. Tato nedbalost a fatální lidská chyba měla na svědomí 520 lidských životů.